Was richtig ist, ist diffizil und von nicht kalkulierbaren Zufällen abhängig. Erst mal sollte eine zusätzliche Festplatte einen PC nicht aus dem Lot bringen, sie wird zusätzlich etwa 8 Watt Wärme produzieren. Der oft genannte hohe Stromverbrauch gilt nur fürs Anlaufen.
Ob es der Festplatte zu heiß wird, hängt vor allem davon ab, ob es einen Hitzestau im Gehäuse gibt. Ich habe meinen PC jetzt so optimiert, dass eine Seagate Barracuda 4 mit 7200 U/min (10 Watt) im Wechselrahmen ohne Wechselrahmenlüfter (!) nur 40°C heiß wird...wenn man AIDA und SMART trauen darf. Jedenfalls fühlt sie sich eher kühler an.
Wenn Du das Gehäuse aufmachst, verdreckt Dir natürlich die Elektronik und vermutlich wird sich nicht nur harmloser Staub anlagern, sondern das Zeugs wird richtig festbacken, weil sich auch mal Feuchtigkeit niederschlägt. Das ist eigentlich alles Gift für die zum Teil sehr hochohmige Elektronik, geringste Kriechströme könnten ICs narren.
Es kommt auch sehr auf Deinen CPU-Lüfter an. Z.B. der Intel-Boxed-Lüfter funktioniert nur richtig, wenn es einen gewissen Luftstau gibt, denn er reguliert sich nach der Temperatur der angesaugten Luft (Fühler in der Motornabe). Natürlich darf der Wärmestau nicht zu groß sein, sonst nutzt das Hochregeln des Lüfters nichts, die CPU überhitzt trotzdem.
Eigentlich musst Du erst mal alles herausfinden (und posten). Prozessortyp, Gehäusetyp, CPU-Lüfterregelung, gemessene Temperaturen. Das Systemtool AIDA kann die Temperaturen auslesen, wenn Sensoren vorhanden sind. In der Regel erfährst Du zumindest CPU-Temperatur und Festplattentemperatur. Für Festplatten liegt das Limit bei 50°C, im Interesse der Haltbarkeit sind aber eher 40°C angemessen. Du brauchst ja noch ne Reserve für heiße Tage und für den Fall dass der Rechner mal stundenlang mit Volllast läuft. Videofilme komprimieren oder sowas.
Intels Lüftungskonzept wird oft kopiert, auch bei AMD-Prozzis. Es ist etwas heikel. Aber andere Regelungen, solche, die direkt die CPU-Temperatur verwerten oder die Kühlertemperatur abgreifen, haben oft ein unruhiges Regelverhalten und gehen damit auf den Geist.
Ich hatte bei meinem PC die CPU-Temperatur im Leerlauf von 45°C über 40°C auf 30°C runterbekommen, leider wurden dabei die Festplatten zu heiß. Das lag eindeutig daran, dass ein 5 cm-Lüfter kühle Luft in den Ansaugbereich des CPU-Lüfters blies, es wurde zu wenig abgesaugt. Ich musste diesen Lüfter wieder auf saugen umstellen (umdrehen) und die CPU-Temperatur ist nun im Leerlauf 40°C. Inklusiv Netzteillüfter saugen nun 3 langsam-drehende Lüfter Luft aus dem großen Tower-Gehäuse. Weil der Tower vorn nur einen winzigen Schlitz hat, habe ich hinten zwei Slotbleche rausbrechen müssen. Irgendwie muss ja auch Luft reinkommen.