Wenn Photoshop sowas macht, dann sind allerhöchstvermutlich in dem Dokument noch Ebenen (mehr als eine) vorhanden. Jedesmal, wenn in Photoshop in ein aktuell bearbeitetes Dokument etwas einsetzt wird, wird automatisch eine neue Ebene angelegt. Und das JPEG-Format kennt sowas nicht, wohl aber das PSD-Format. Analog, wenn andere PSD-Format-spzifischen Eigenschaften zum Einsatz gekommen sind, die es in JPEG nicht gibt.
Wenn es daran liegt, mußt Du vor dem Abspeichern alle Ebenen auf eine einzige zurückführen und dann wird auch das Original-Grafikformat zur Sicherung angeboten und nicht mehr PSD.