Windows optimiert beim Defragementieren die Anordnung der Programme. Kann sein, dass das andere Auslagerungstool das ausgehebelt hat. Müsstest also mit Windows nochmal defragmentieren. Die dauernde Aktivität der Festplatte könnte auf die Windows-Indexerstellung zurückzuführen sein. Meist wird sie nicht benötigt. Mach Dich mal schlau, wo Du die abstellst (Windows-Hilfe oder Suchfunktion, ev. Google). Ich habe Win98 und bei 2000 weiß ich nicht so genau Bescheid.
Dann habe ich noch folgenden Hinweis zur Registry gefunden, die Quellenangabe ist aber verlorengegangen. (Registry-Operationen sind stets riskant, die üblichen Sicherheitsmaßnahmen beachten):
"Win2000: Registry defragmentieren und verkleinern
Auch unter Windows 2000 kann die Registry defragmentieren, indem durch gelöscht Einträge
dort Lücken entstehen. Zudem kann die Datei noch "zerstückelt" auf der Festplatte schlummern,
da der Standard-Defragmentierer die geöffnete Datei nicht defragmentieren kann.
Aber auch unter Windows 2000 gibt es Lösungen für dieses Problem.
1.) Das Tool Pagedefrag von Sysinternals kann sowohl die Auslagerungsdatei als auch die Registry
defragmentieren. Dies passiert nach einem Reboot noch vor dem Start der Windows-Oberfläche.
Die Funktion ist in besseren Deframentieren wie OODefrag direkt eingebaut.
2.) Um die Registry zu verkleinern, muss man sich mit einem Trick behelfen. Zunächst startet man
das Backuprogramm von Windows 2000, wählt unter Extras "Notfalldiskette erstellen", markiert
hier "Die Registrierung im Notfallverzeichnis sichern..." und legt keine Diskette ein. Das Backup
schreibt dann die Systemdateien in das Verzeichnis %WinDir%/repair/regback.
Jetzt startet man Windows 2000 in der Notfallkonsole und kopiert mit
copy %windir%\repair\regback\*.* %windir%\system32\config alle Dateien wieder zurück."
Dann gibt es noch einen Hinweis zur Problemumschiffung, wenn NTSF nicht vollständig defragmentiert wird:
http://www.id.ethz.ch/Homepage/heim/harddisk/harddisk.htm
Der Hinweis findet sich ziemlich weit unten auf der Seite unter der Überschrift "Die Master File Table". Der relevante Absatz beginnt mit dem Satz:"Unglücklicherweise lässt NTFS keine Defragmentierungs-Software an die Meta Files heran."