Daten auf FAT-32-Partition kannst Du recht weitgehend mit "Convar PC Inspector File Recovery" retten. Computerheft-CD PC-Welt 8/2002 oder im Netz.
http://www.pcinspector.de/file_recovery/download.htm
Bei Convar solltest Du versuchen die Datensuche jeweils auf Bereiche von 1 GB einzugrenzen, sonst dauert es ewig. Also geduldig Stück für Stück arbeiten.
Formatierungen kannst Du mit den Norton Utilities rückgäng machen. Du benötigst eine Programm-CD oder selbst-erstellte Notfalldisketten und das Handbuch (ev. als PDF auf einem anderen Computer). Irgendwann gab es mal die Norton Utilities für lau auf einer Computerheft-CD...und es geht durchaus auch eine 3-Jahre alte Version.
Möglicher Weise geht es auch mit Ontrack System Suite. Auf der Webseite reden sie undeutlich von der Behebung von Problemen im Zusammenhang vom Formatieren.
Vorsichtshalber installiert man keine Rettungsprogramme, denn die Installation überschreibt Daten. Also von CD arbeiten, bzw. bei Convar die auszulesende Festplatte von allen Aktivitäten verschonen.
Dein Text ist nicht ganz eindeutig. Einerseits hast Du nur formatiert, andererseits redest Du vom Partitionieren. Wenn Du mehrere Schritte unternommen hast, können VIELLEICHT Profis mit teurer Software noch was ausrichten.
WinME mag keine zwei Aktiven Partitionen (=startfähigen) auf einem Computer, auch wenn die Partition jetzt auf der zweiten Festplatte letztlich nicht starten kann. Genauer, manchmal geht es eben schief. Du schreibst auch gar nicht, ob die zweite Festplatte als Slave der ersten arbeitet, bin mir aber recht unsicher, ob das ev. eine Rolle spielen könnte.
Weil Windows allein nicht allzuviel an Partitionen managen kann, würde ich gerade für diesen Notfall vorschlagen, Du besorgst Dir PartitionMagic (es reicht eine alte Computerheft-Version) und arbeitest damit erst mal von Diskette. Das ist nicht zwingend erforderlich, aber es ist stets besser so eine Diskette zu haben. Du erstellst eine "Notfalldiskette 2" ( = Programmdiskette). Die Nr. 1 sparst Du Dir und nimmst zum Starten eine Windows-Startdiskette, wechselt zur Programmdiskette und startest mit dem Befehl pqmagic. Das Programm ist eigentlich selbsterklärend und es gibt auch ein PDF-Handbuch ( bei der Kaufversion ein richtiges Handbuch). Damit kannst Du die Akive Partition auf der zweiten Festplatte zunächst verstecken, Neustart und hochfahren lassen und dann im zweiten Durchgang "anzeigen" wählen (also nicht mehr "aktiv"). So wirst Du den Aktiv-Status los.
Damit Du nicht lange suchen musst: Die Partition wird mit Rechtsklick angeklickt und im Kontextmenü unter Speziell nachgeschaut.
Soweit ich es mitbekommen habe, bist Du Dir relativ sicher an der alten Festplatte keine Veränderungen vorgenommen zu haben. Dann würde ich erst mal den alten Status wiederherstellen, um nachzuschauen, ob die Daten noch drauf sind.
Das eigentliche Problem wird wohl sein, dass der MBR der alten Festplatte nicht zu den geänderten Verhältnissen passt, also dass die Platte jetzt als Slave bzw. Secondary Master arbeitet.