PartitionMagic hat Probleme mit dem NTFS-Dateisystem. Zusammenführen von Partitionen ist riskant und man sollte es nicht ohne Backup machen. Partitionen verkleinern oder Zusammenführen, ohne vorheriges Defragmentieren, soll sogar fast immer schief gehen. Es gibt noch ein paar andere Dinge, schau mal ins Posting-Archiv, Festplatten.
Womöglich steht jetzt Müll in Spur Null der Festplatte. Du solltest also den MBR möglichst vollständig löschen. Das geht mit killmbr. Natürlich sind dann alle Daten weg.
http://www.heise.de/ct/ftp/result.xhtml?url=/ct/ftp/ctsi.shtml&words=killmbr
Danach Platte im Bios erkennen lassen, Partitionen einrichten, C-Partition aktivieren, Neustart und Formatieren
Zur Sicherheit würde ich eine zweite Festplatte besorgen; am besten das Modell noch mal, dass Du hast. (Nicht zu groß, ich weiß jetzt nicht die aktuellen Grenzen von PowerQuest-Software.) Du richtest die Partitionen auf dieser Platte genau so ein, wie auf der ersten Platte.
Zum Kopieren der Partitionen würde ich DriveImage benutzen und zwar im DOS-Modus "Von Datenträger zu Datenträger". Partitionen sind "Datenträger". Hin und wieder Backup aktualisieren. Nicht benötigte Partitionen auf der zweiten Platte zwischendurch verstecken, damit sie geschützt sind und nicht die Laufwerksbuchstaben durcheinander bringen.
Wenn es nur darum geht etwa Eigene Dateien im Backup (=Image) zu aktualisieren, kannst Du die Partition dafür kurz sichtbar machen. Man erspart sich ev. langwierige Neustarts, wenn man gleich beim Starten PartitionMagic und DriveImage ausführen kann; dazu spielt man die DOS-Tools am besten auf startfähige CD.
Außerdem würde ich den MBR extra sichern. Das hilft natürlich nicht in dem Augenblick wo Änderungen vorgenommen werden; es hilft eher bei gelegentlichen willkürlichen Schluckauf.
Das Tool ped.exe sichert sehr einfach den MBR der ersten Platte. Mit PTedit kannst Du die MBR-Daten in Tabellenform als Hexadezimalzahlen angezeigt bekommen und verändern. Du wirst die DOS-Version auf eine DOS-Startdiskette spielen müssen. Das Tool dürfte bei PartitionMagic dabei sein. Wenn das Ausdrucken nicht gelingt, musst Du die Tabelle notieren. Nach und vor Änderungen sicherheitshalber notieren.
Wenn Deine Festplatte 7200 U/min schnell dreht, wird sie ev. zu heiß.