Ist immer die Frage, ob Du nur die C-Partition platt machen willst oder die ganze Platte. Tatsache ist, dass auf einer gänzlich uneingerichteten Platte kein DOS-Modus läuft, auch nicht von Diskette! - Das Gleiche gilt für Fehler am Plattenanfang. Dass Windows trotzdem - abgesichert - hochkommt ist ein kleines Wunder.
Das gleiche Phänomen kannst Du beobachten, wenn Du eine gänzlich leere Festplatte (Festplatte nach killmbr und Low-Level-Format) das erste Mal mit FDISK (Win98-Startdiskette) konfrontierst. Es gibt eine Fehlermeldung (konnte kein RAM-Laufwerk erstellen), die Fehlermeldung kann man ignorieren.
Wenn Du also vermuten kannst, dass die Platte am Plattenanfang einen bösen logischen Fehler hat, dann versuch es mal mit Win98-Startdiskette und killmbr oder mit einer Win98-Startdiskette und dem IBM-Programm wipe. Wenn Du "nur" killmbr nimmst, muss Du noch Low-Level-Formatieren oder besser mehrmals umformatieren (Linux ext2 und nochmal 2 GB FAT16 am Plattenfang drübermachen). Wipe schreibt Nullen auf die ersten 8 GB, zumeist ist das effektiv und geht noch mit vertretbarem Zeitaufwand.
killmbr
Den MBR säubern mit dem Tool killmbr der Zeitschrift ct. (Datenzugriff auf die Festplatte ist danach nicht mehr möglich, alle Daten die nicht extern gesichert wurden sind futsch!).
Killmbr passt auf die (notwendige) Win98 Startdiskette.
http://www.heise.de/ct/ftp/result.xhtml?url=/ct/ftp/ctsi.shtml&words=killmbr
Anders als bei FDISK hat die erste Festplatte die Nummer 0 (Null), die zweite Festplatte heißt 1!!!
Danach fdisk /mbr und die Platte mit FDISK einrichten.
Die ersten 8 Gigabytes kann man mit Wipe von IBM Low-Level formatieren. Das Tool findet sich auch auf der IBM-Seite.
http://service.boulder.ibm.com/storage/hddtech/wipe.exe
Achtung, das Beispiel, dass Wipe auf dem Monitor anzeigt, bezieht sich auf Festplatte 1. Nach der Zählweise außerhalb der Mikrosoft-FDISK-Bezeichnungsweise ist das die 2-te Festplatte. Wenn die erste Festplatte behandelt werden soll, ist "wipe 0" einzugeben.
Wipe ist etwas aus der Mode gekommen und man bekommt es schwer, seit Festplatten größer als 8 GB sind. Aber ich finde es bewährt sich noch immer.