"sollte eigentlich nur fomatiert werden"
Formatieren löscht die Daten. Wolltest Du die Daten löschen?
Partitionen kannst Du löschen und wieder neu anlegen, wo ist das Problem? Danach muss die Betriebssytempartition aktiv gesetzt werden. Neustart und Formatieren der Partitionen. Wenn Du keine Daten retten musst alles ganz einfach.
Wenn das Partitionieren nicht funktioniert, kannst Du mit killmbr den MBR besonders gründlich löschen. Sicherheitshalber die Platte im Bios erkennen lassen.
http://www.heise.de/ct/ftp/result.xhtml?url=/ct/ftp/ctsi.shtml&words=killmbr
Wenn es dann immer noch nicht geht, hat wohl die Festplatte ein Problem und ist ein Fall für die Diagnosesoftware des Herstellers.
Du kannst die Partitionen als Primäre Partitionen (max. 4) anlegen, dann werden die Partitionsdaten im MBR abgelegt. Du kannst Dich auf 3 Primäre Partitionen beschränken und dann fast beliebig (Laufwerksbuchstaben) eine Kette von Logischen Partitionen erstellen. Der Container für Logische Partitionen heißt Erweiterte Partition und er wird automatisch nebenbei erstellt. Die Erweiterte Partition ist eine Primäre Partition - auch wenn die Anzeige in PartitionMagic das nicht so deutlich macht.
Du solltest die Partitionstabelle sichern.
Partitionstabellen sichern mit ped.exe, zu finden auf dieser Internetseite (Programmsammlung):
http://home.t-online.de/home/SigiBader/download.html