Früher war es so, dass sich die Partitionierung mit SuSE Yast und PartitionMagic nicht vertragen haben. Das äußerte sich aber nicht sofort, sondern vielleicht nach einem haben Jahr wollte Win98 nicht mehr starten.
Den Fehler bekommt man nur mit killmbr beseitigt und das wird vermutlich in Deinem Fall auch sicherer sein. Mir ist aber nicht klar, wie Du dann wieder Zugriff auf Deine Partitionen bekommst, Du kommst nicht mehr an die Daten auf der Festplatte ran!!
Man sollte sich also auf ein Partitionierungswerkzeug festlegen und bei der SuSE-Installation nichts automatisch laufen lassen, sondern vielmehr die Partitionierung auch für Linux mit PartitionMagic vorbereiten und so nutzen.
Wenn es also ganz übel kommt, musst Du Deine Daten vollständig sichern. Du könntest mit DriveImage einfach die Partitionen (inkl. Linux) auf eine zweite Festplatte kopieren (Von Datenträger zu Datenträger), wenn SuSE nicht gleich als Dateisystem Reiser FS gewählt hat. Arconis True Image soll auch Reiser FS kopieren können, aber da gibt es wohl bisher kaum Erfahrungen. Reiser FS ist übrigens eine schlechte Wahl, man nimmt besser ext3.
Neuere Versionen von PartitionMagic haben auch eine Kopierfunktion.
Bei WindowsXP ist auch ein Backup-Programm auf der CD, dass aber nicht für Linux geht. Infos dazu:
http://www.heise.de/ct/faq/qna/ms-backup-xp-home.shtml
http://www.chip.de/praxis_wissen/praxis_wissen_190739.html
http://www.infoweek.ch/community/messageview.cfm?catid=1&threadid=1074
MBR säubern mit dem Tool killmbr der Zeitschrift ct.
http://www.heise.de/ct/ftp/result.xhtml?url=/ct/ftp/ctsi.shtml&words=killmbr
Ev. würde ich auf die Installation eines Linux-Bootmanagers verzichten und Linux nur mittels Lilo-Diskette starten (2 Sekunden Verzögerung nur), also den MBR für Windows unverändert lassen (Linux starten geht zur Not auch von der SuSE-CD). - Ach so, Du hast doch Linux nach Windows installiert, oder?