S-ATA ist softwarekompatibel zu P-ATA, damit müßte sie problemlos unter DOS zu erkennen sein, wenn sie als S-ATA 0 bwz. 1 oder "Primary, ... Secondary IDE" im BIOS steht. Letzere Option oder auch die Automatik kann IDE 0 oder 1 automatisch deaktivieren - und das IMHO nicht nur unter W98. Wenn Platte an Port 1 => ggf. Primary IDE weg, bei Port 2 ggf. der Sec. IDE weg.
Das hängt ggf. aber auch noch vom BIOS des Boards ab.
Bedenke diese Möglichkeit, wenn du später die P-ATA-Platte nicht wiederfindest!
Denke dran: Wenn die S-ATA-Platte so läuft, können unter W98 nur 128 GB genutzt werden, sonst gibt einen Daten-Gau! (ab XP SP1 aber kein Problem)
Wenn die S-ATA-Platte am S-ATA-Raidcontroller hängt (dazu muß nur die RAID-Option mit BIOS aktiv sein und das RAID-BIOS meldet sich beim Start), sollten IDE 0 + 1 erhalten bleiben. Bei der Installation, (vielleicht sogar auch unter DOS für Ghost?) ist dann ein Treiber notwendig (Diskette).
W98 ginge bei S-ATA-Raid (falls Non-RAID geht) dann auch in voller Größe.
Dies nur zur Info, du mußt ggf. etwas probieren und hast hoffentich schon ein sicheres Backup!