Geh mal davon aus, dass sich auf der Partition - wenn nicht der Festplatte als Ganzem - ein versteckter Fehler befindet, der sich nicht so leicht finden und reparieren lässt. Chkdsk selber kann man am Start hindern, aber es ist schlecht wenn dieser Test nicht mehr automatisch bei Problemen ansspringt. Mit der Partition kannst Du früher oder später Probleme bekommen. Bei mir betraf es zumeist die D-Partition, die ich für Auslagerungsdatei und Browser-Cache reserviert hatte. Der Fehler trat auf, wenn ich die C-Partition größer als 7,8 GB machte. Im Bios war das Auslesen von INT13H defaultmäßig abgestellt.
Im Prinzip - zur Datenrettung/-Sicherung müsstest Du also Deine gesamte Platte auf eine andere Festplatte kopieren. Dann die alte Platte Low-Level-formatieren (Nullen schreiben) und ich würde sicherheitshalber auch noch zusätzlich eine alte DOS-Startdiskette einsetzen (am Prompt fdisk /mbr). UND dann die Platte als Ganzes als Primäre Partition in NTFS formatieren (bis auf 7,8 MB am Plattenende), die Platte als zweite Platte einbauen und CHKDSK drüber laufen lassen. Dann erst die Partition löschen und die Platte neu einrichten. Das ist es was bei mir notwendig war, übrigens mehrmals, bis ich diese blöde Bios-Einstellung gefunden habe.