USB bringt bei 3,5"-Platten ca. 30MB/s, eSATA kommt auf ca. 60MB/s - bei denselben Platten. Diese Werte erreichst du aber in beiden Fällen nur im Benchmark oder bei der Übertragung von sehr großen Dateien (500MD Spieledemo oder ähnliches). Beim kopieren von vielen kleinen Dateien sacken beide Lösungen drastisch ab.
Weiterhin brauchst du keine eSATA-Karte. Wenn dein Board einen SATA-Anschluss (übrig) hat, gibt es für ein paar Euro Slotbleche mit Adaptersteckern zu kaufen - innen SATA und extern eSATA.
Bei USB - traurig, aber wahr - gibt es leider Chipsätze (unrühmlich ATI), die den Datendurchsatz radikal abwürgen. USB hat natürlich den Vorteil, das hat einfach jeder. eSATA ist eine Nischenlösung, die kaum jemand besitzt