Läuft NT4 mit NTFS als Dateisystem? Dann muß neu formatiert werden, da W98 damit nichts anfangen kann, zumindest so, wie es von der Setup-CD runterinstalliert wird. Bei FAT16 als Dateisystem wäre es egal, das beherrschen beide. Wenn Du das W98-Setup startest, wird der Bootsektor, der bisher das NT-Bootmenü lädt mit dem W98 Bootloader überschrieben, zunächst aber einmal nur dieser, die NT-Daten ansonsten bleiben erhalten (außer natürlich, Du formatierst).
Ob mit oder mit ohne formatieren das CD-ROM wird erst erkannt, wenn das jeweilige OS einen Treiber geladen hat, der mit dem CD-ROM zusammenarbeitet. D.h. Hard- und Softweare müssen vorhanden sein und passen. Beim Setup.exe starten wird die vorhandene Hardwarekonfiguration abgedackelt und für das, was das Setup erkennt, aus dem Fundus der CD die passenden ausgewählt und benutzt. Dabei sollte es zu keinerlei Problemen kommen, was das CD-Laufwerk betrifft. Für alle andere Hardware - wer weiß...
Alles, was nicht erkannt wird, wird ignoriert bzw. es werden die Treiber dafür angefordert. Die funktionieren dann oder eben nicht. Hat für CD-ROMs keine Relevanz (zu haben, es sei denn, das CD-ROM ist nicht voll kompatibel zum ATAPI bzw. SCSI-Standard, dann aber gute Nacht, Marie).
Sichere falls erforderlich noch NT-Daten, dann Resettaste drücken, die W98-CD bzw. Floppy einlegen und ab dafür.