Starte das System mit der externen Platte und boote Ubuntu.
Anschliessend hänge die externe Platte aus.
Danach ist es sinnvoll, sich die verbliebenen Platten/Partitionen anzeigen zu lassen:
sudo fdisk -l
Je nachdem, wie Du es einrichten möchtest, kommt es jetzt an, welches die Windows- und die Ubuntu-Platte ist, um ddann den Bootloader neu zu installieren.
Ist Windows auf der ersten Platte, wird diese in der Linux-Nomenklatur mit /dev/sda bezeichnet und Ubuntu läge dann auf der zweiten, die als /dev/sdb bezeichnet sein sollte.
Willst Du nun grub in den MBR der ersten Platte installieren, liest Du als erstes die Laufwerke ein und übergibst das Ergebnis an grub:
sudo update-grub
Dann installierst Du grub selber:
sudo grub-install /dev/sda
Möchtest Du den MBR von Windows unberührt lassen und entweder per BIOS-Bootauswahl von der jeweiligen Platte booten oder Du holst die Ubuntu-Platte als Boot-Quelle nach vor , liest Du erst wie o.a. wieder die Laufwerke ein, installierst aber dann in den MBR der zweiten Platte:
sudo grub-install /dev/sdb
https://wiki.ubuntuusers.de/GRUB_2/Terminalbefehle/#update-grub
https://wiki.ubuntuusers.de/GRUB_2/Reparatur/#GRUB-2-vollstaendig-neu-installieren