ext4 ist derzeit eine optimale Wahl. Es ist sehr weit verbreitet, ausgereift und trotzdem in praktisch allen Anwendungsbereichen recht schnell.
Die vielen Dateisysteme sind diversen Umständen geschuldet.
Zum einen hat Linux die Rolle vieler kommerzieller Unix-Systeme übernommen und die ursprünglichen Hersteller dieser Systeme haben den Code für die Dateisysteme dem Linux-Kernel zur Verfügung gestellt, um einen sauberen Übergang zu ermöglichen. Dadurch sind z.B. XFS von Silicon Graphics oder JFS von IBM in den Kernel eingezogen.
Zum anderen wurden diverse Systeme parallel entwickelt, z.B. ReiserFS und EXT. Letztendlich hat ReiserFS dieses Rennen insb. dadurch verloren, dass der Chefentwickler durch juristische Probleme die nächsten 20 Jahre keinen Computer anfassen wird (er ist wegen Mordes schuldig gesprochen worden).
Dann gibt es noch einige völlig neue Entwicklungen, welche durch das Aufkommen neuer Speichermedien, z.b. Flash-Speicher wie SD-Karten, USB-Sticks und SSDs anstelle rotierender Medien wie Floppies und Harddisks sowie die verstärkte Nutzung redundanter Datenträger (RAID). Die Flash-Speicher stellen ganz andere Ansprüche an das Dateisystem als rotierende Datenträger um optimal arbeiten zu können. Daher sind neue Ansätze der Datenorganisation nötig.
Daneben gibt es noch unzählige weitere Dateisysteme, welche für Interoperabilität mit anderen Plattformen (z.b. FAT, NTFS (Windows), HFS (Apple), UDF, ISO9660 (CD-ROM) oder spezielle Anwendungen wie z.B. embedded Systems mit minimalem Speicher oder read-only-Speicher (squashfs, jffs) entwickelt wurden.