Das Applet solltest Du grundsätzlich auch lokal starten können. Die einzige Stelle an der es hängen könnte wäre die Übergabe von Authentifizierungsdaten per Parameter aus dem Webinterface ans Applet (im HTML-Code sichtbar - der sich dann per Mechanize abrufen ließe).
errichtet dann eine Verbindung zu einem Repository, welches ich dann per repo synchronisieren kann.
Kannst Du das ggf. noch mal etwas ausführen, so dass man auch ohne spezifische Produktkenntnisse eine Chance hat zu verstehen was passieren soll? ;-)
Beim Java-Applet könnte es bei sauberer Architektur auch möglich sein direkt die verfügbaren Funktionalitäten aus dem Jar-Archiv zu extrahieren, sofern die in eigenen Klassen ohne Abhängigkeiten zur UI existieren. Ergänzend dazu müsstest Du dann noch ein eigenes Java-Programm zum Aufruf zusammenstellen.
Wenn das alleine noch nicht reicht bliebe noch der Versuch die Class-Dateien in Quellcode zurück zu verwandeln (sofern diesem nicht rechtliche Einschränkungen entgegen stehen). Das funktioniert bei Java oft überraschend gut, auch wenn natürlich Kommentare verloren gehen.