Eine Festplatte mit FAT32 kann man zumindest ohne Datenverlust in NTFS umformatieren bzw. konvertieren. Der Befehl dazu lautet:
"convert Laufwerksbuchstabe /FS:NTFS"
Wobei anstelle des Wortes "Laufwerksbuchstabe" natürlich der entsprechende Buchstabe gesetzt werden muss. Möglicherweise geht das mit einem Stick ebenfalls, da dieser ja, wenn er gesteckt ist, ebenfalls einen Laufwerksbuchstaben hat.
Hier gibt es dazu noch eine ausführliche Beschreibung: http://www.tecchannel.de/a/ohne-datenverlust-fat32-laufwerke-in-ntfs-konvertieren,2029277
Die ganze Prozedur habe ich früher selber schon öfters durchgeführt, und zwar nach dem Umstieg von Win98 auf WinXP bzw. auf W2K, da war man manchmal etwas skeptisch wegen des neuen Dateisystems NTFS und man hat WinXP/W2K erstmal auf FAT32 installiert, dann aber später doch umkonvertiert auf NTFS, das ist mit diesem Befehl immer problemlos und ohne Datenverlust abgelaufen.