Also, hier ein Tip von mir.
Ich denke, dass Du mit dem Rumgeschraube an der Boot.ini oder sonst was nicht sehr weit kommen wirst. Deswegen:
Eine XP-Version löschen. Wenn die andere funktioniert mit beiden Platten drin, dann ist gut und wir lassen sie einfach so. Beide Platten drin lassen! Dann mit Partition Magic booten und die Zielpartition der zweiten XP-Version aktivieren (SEHR WICHTIG!). Somit werden alle Daten, also auch Bootdaten, auf diese Parittion geschrieben bei der Installation. Dann XP installieren. Anschließend wieder das Prozedere mit dem Bootmanager. Und dann beten, dass es klappt.
Hier mal ein Test von einigen Bootmanagern:
http://www.tecchannel.de/software/485/
Ich habe auch schon oft versucht, an der Boot.ini rumzubasteln. Hat aber nie geklappt. Deswegen solltest Du generell darauf achten, dass bei der Installation schon alle Platten vorhanden sind, oder zumindest bei der Installation auf die zweite Platte. Sie von Master danach auf Slave zu hängen ist meines Erachtens tödlich. Wichtig ist dabei aber auch immer, dass Du vor der Installation die Zielpartition aktivierst. So hat es bei mir Problemlos geklappt mit nem Win2000/XP Dualboot. Sogar ohne Bootmanager.
Ich frage mich ja immer noch, weshalb man zwei XP-OS auf seinen Rechner aufspielen will. Falls Du eine davon zum Testen von Software etc. verwenden willst, dann rate ich Dir einen anderen Weg. Spiele das zweite XP auf einen virtuellen Rechner auf. Verhält sich wie ein ganz normaler Rechner sogar mit eigenem BIOS etc., ist aber in Wirklichkeit nur ein Programm, welches unter Windows läuft. Näheres dazu:
http://www.vmware.com
Hoffe, Dir weitergeholfen zu haben.
Gruß,
Jürgen