absolute positionierungen sind ein feature von css2.0, haben aber einen kleinen nachteil, IE interpretiert sie anderst als netscape/opera. im allgemeinen sehen sie so aus:
position: absolute;
left: 120px;
top: 200px;
und wird in die scripte eingebaut.
ich habe mir deine stylesheets nicht angeschaut, deswegen war es nur eine vermutung. falls du das nicht nutzt, dann könnte es auch an tabellen liegen.
letzte möglichkeit wäre, daß es an der seltsamen konstruktion über die portalseite deines domaindienstes liegt, da der schon mit frameset arbeitet und dieses über javascript erstellen lässt und es dadurch zu unzulässigen verschachtelungen kommt, die der IE nachlässiger interpretiert.