Das BIOS auf der Festplatte zu lassen und den Pfad auf der Diskette anzupassen ist ein ziemliches Risiko, da manche BIOS-Updates Änderungen am IDE-Controller vornehmen. Wenn es so ist erfährst Du es ziemlich schnell, weil er dann die Datei mit dem neuen BIOS nicht mehr findet (natürlich erst nachdem er das alte BIOS gelöscht hat) - was einen riesigen Unterhaltungswert haben kann, wenn man nicht selbst betroffen ist. ;-)
Besser du kopierst ALLE Dateien auf eine leere, bootfähige Diskette und machst alles von dort aus.
Viele Hersteller bieten inzwischen Tools an, mit denen sich das BIOS aus Windows heraus updaten lässt. Das was ich habe (von Gigabyte) funktioniert einwandfrei, aber ein Bekannter mit nem Epox-Board hat mit dem Tool von Epox schonmal das BIOS zerschossen. Also Geschmackssache, wie Du es machen willst, das unter Windoof geht natürlich einfacher.
Aber grundsätzlich gilt: Lass die Finger vom BIOS wenn alles einwandfrei läuft, weil es immer ein Risiko ist.