Kein Problem, das kommt häufiger vor, kann aber zu Verwirrungen und Mißverständnissen führen wenn ein Posting an der falschen Stelle landet. Im Prinzip ist das System aber einfach, wenn man es kennt.
Wenn Du deinen Text in das Formular am Ende der Seite eintippst und absendest, so landet es als Antwort auf das Posting, welches ganz oben auf der Seite steht, hier mal kurz erklärt:
Hast Du die Flachansicht eines Thread offen, dann landet ein Posting, welches Du in das Formular am Ende der Flachansicht eingibst, unter dem Ursprungsposting, also dem Threadstart. Gehst Du in der Flachansicht auf "Antwort kommentieren" bei einer Antwort unter dem Thread, so öffnest Du ein neues Fenster mit der Ansicht des Einzelpostes, auf welches Du antwortest. Auch da gilt dann wieder: Das Posting ganz oben ist das, auf welches Du antwortest.
In der Threadansicht (die mit der Baumstruktur, welche Du auch bei "Antwort kommentieren" bekommst) läuft dies analog. Du antwortest mit dem Formular auf das Posting, welches Du gerade betrachtest, das also ganz oben steht.