Hattest du denn die Systempartition mit Windows 2000 formatiert und dann erst Windows XP installiert, oder hast du das einfach auf Win2000 drübergebügelt? Normalerweise sollte das zwar ohne weiteres gehen, aber ich würde dem Frieden nicht trauen. Vielleicht ist wirklich durch die Jumperänderung "etwas durcheinander gekommen".
Genaueres kann man aber ggfs. erst dann sagen, wenn du die genaue Fehlermeldung postest, z.B. "NTLDR nicht gefunden" oder "Unmountable Boot Volume". À propos BIOS: Dort wird die Platte noch ordnungsgemäß erkannt?
Falls du dich dazu entschließen kannst, noch einmal ganz von vorne anzufangen, dann würde ich um sicher zu gehen vorher einmal mit "killmbr" den Master Boot Record vernichten. Möglicherweise ist dort etwas verkorkst. Du findest dieses Tool hier bei Heise: http://www.heise.de/ct/ftp/ctsi.shtml. Einfach auf eine DOS-Bootdiskette kopieren, damit starten und killmbr aufrufen, der Rest erklärt sich von allein.
CU
Olaf