zu 1) Wenn Du die Platten verkehrt jumperst oder steckst, wird die Platte im Bios nicht erkannt. Die Bios-Fehlermeldung kann fehlerhaft ausfallen, z.B. "Overclocking Error".
zu 2) Ich würde nix abknipsen. Vielmehr benutzt Du ein altes 40-Pol IDE-Kabel. Aber, auch wenn beim alten 40-Pol Kabel Master und Slave nicht kodiert sind: Auf alle Fälle Master ans Ende des IDE-Kabels, es gibt zu viele Inkompatibilitäten. Beide IDE-Geräte am Kabel laufen dann aber nur mit 33 MB/Sekunde.
An den Platzproblemen, bzw. verdrehten Kabeln lässt sich nichts ändern. Du darfst auch NICHT das IDE-Kabel in der Richtung umdrehen, es würde Mainboard und Platte killen. Du kannst aber andere Kabel besorgen, die Frage ist nur, ob Du ein Rundkabel in 40-Pol auftreibst? - Die zusätzlichen 40 Pole der 80 Pol-Kabel sind Masseleitungen, die die Induktion zwischen den Kabeln abfischen; womöglich ist das bei Rundkabeln anders gelöst (Ummantelung)...oder gar nicht (billig).
Einfach irgend was zu probieren, kann die Festplatte logisch (Adressen) in ein Chaos zu verwandeln; dann hilft nur noch Low Level Format.