Ich hab das Problem schon mal in einem anderen Forum (http://www.nickles.de/static_cache/538048528.html) gepostet.
Ist die Fragmentation einer Platte von der Software oder von der Hardware bestimmt?
fbe
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nemesis² 
fbe „Warum fragmentiert eine Festplatte?“
Die Fragmentierung ist imho nur von der Software/OS/Dateisystem bzw. teilweise noch von der Partitionierung abhängig.
Die Fragmentierung hängt u. a. auch davon ab, wie stark eine Partition genutzt wird, d. h. wie häufig Dateien geschrieben, gelöscht und wieder geschrieben werden. Wird eine komplett leere Partition mit Daten voll geschrieben, dürfte die Fragmentierung bei 0% liegen.
Wird später gelöscht, entstehen dort "Lücken" - freie Bereiche, auf denen wieder Dateien (oder -Fragmente) geschrieben werden können.
Hier gibt es einen Unterschied zwischen DOS/W9x und XP(W2k?): W9x/DOS würde gleich die vordersten Lücken wieder mit Dateien(-Fragmenten) zuschreiben, XP versucht dagegen zusammenhängend zu schreiben, hier wird die Fragmentierung rel. klein gehalten (imho ist das unabhängig davon, ob FAT32 oder NTFS).
Bei DOS/W9x ist somit eine starke Fragmentierung sehr wahrscheinlich.
Wenn eine ("stark genutzte") Partition langsam voll wird, muß zwangsweise jedes OS auch die Lücken füllen => Fragmentierung der letzteren Dateien sehr wahrscheinlich.
Würde auf einer rel. vollen Partition mit vielen (gelöschten) kleinen Dateien eine große Datei geschrieben, wäre diese mit einiger Wahrscheinlichkeit fragmentiert, da kaum zusammenhängender Platz vorhanden sein dürfte.
Du könntest auch selber ein paar Experimente anstellen, XP zeigt sehr schön grafisch die Fragmentierung bzw. die Lage der Dateien an.
Fragmentierung Vermindern kannst du, indem du für kleinere und große Dateien (z. B. Filme, Images, ...) jeweils eine eigene Partition verwendenst. Hast du dagegen den ganzen Müll auf einer 250 GB "C-Partition", ist da fragmentierungsmäßig nichts zu retten. Das muß rel. schnell langsam werden.
An sich ist Fragementierung kein großes Problem, außer daß schreiben/lesen dann etwas länger dauert. Problematisch wird es erst beim Wiederherstellen gelöschter Dateien - da ist dann Essig!
