Um Deinem Problem mit Mischbetrieb auf die Spur zu kommen, müßtest Du uns detailliert die genaue HW-Konfiguration mit allen Einstellungen mitteilen - im Moment ist das Fehlerbild nicht nachvollziehbar.
Den Betrieb von Festplatten an einem 2940 (ohne angehängte Buchstabe) kannst Du vergessen, da der Controller nur 10MB/s schafft. Selbst für neuere optische Laufwerke bräuchte man einen 2940U Controller, der 20MB/s schafft. Ein DVD-Laufwerk Toshiba SD-M1711 schafft laut Datenblatt über 16MB/s.
Ein solcher alter Controller ist auch nicht geeignet, um daran eine bootfähige Festplatte zu betreiben ... von der Sache geht es, macht aber keinen Sinn, da jede betagte IDE-Festplatte deutlich schneller ist!
Wenn Du weiter mit SCSI arbeiten willst, würde ich Dir die Beschaffung eines Adaptec 29160 oder 39160 raten (bei eBay etwa 20/40,-€). Einen 2940UW ist bei eBay ab 1,-€ erhältlich (80MB/s).
Wenn SCSI einen Sinn machen soll, sollte man schon neuere SCSI-Komponenten (Controller, HDs) einsetzen. Für einen älteren SCSI-Brenner dürfte aber der 2940 ausreichen.
rill