Ich benütze den ccleaner (Freeware). Wurde hier bei nickels schon mal empfohlen und kann bei http://www.chip.de/downloads/c1_downloads_16317939.html
heruntergeladen werden. Hat eine eigene Schaltfläche für Registry.
Bin recht zurfrieden damit, keinerlei beobachtbare Störungen, Updates kommen auch ab und an.
Nach meiner Beobachtung muss man die Registry ca. 2-3x hintereinander säubern, bis das Tool nichts mehr findet.
Sobald das Tool nichts mehr findet und am nächsten Tag sind wieder Einträge da, würde ich das schon genauer analysieren und dabei überlegen, was davon auf meine eigenen Aktionen zurückgeführt werden kann.
Good luck