1) Erstmal muss Du die Seagates wieder so anschließen wie es ursprünglich war und die SATA-Platte weglassen.
2) Dann würde ich mal eine Knoppix-CD starten und schauen ob Knoppix-Linux noch die Windows Partitionen erkennt.
3) Ev. würde ich die Partititionierung mit dem Programm testdisk reparieren lassen. Ev. funzt testdisk z.Z. noch nicht wieder von Knoppix-CDs aber dann kann man ja eine Diskette backen. In die Nickles-Suche einfach mal "testdisk" eingeben und verschiedene Postings durchsehen, etwas Geduld aufbringen, da wird alles erklärt.
4) Wenn Du die Partitionen wieder angezeigt bekommst, dann den MBR beider Festplatten auf eine ped.exe Diskette sichern. Also auf eine Win98-Startdiskette (ähnliche DOS-Startdisketten gibt es im Netz zum Download) passt noch ped.exe mit drauf. Nach ped.exe googeln! Ped.exe speicher und korrigiert beim Rückspielen stets beide angeschlossenen Festplatten. Platten nicht verändern und nicht verkehrt herum anschließen!
Alte DOS-Disketten (etwa die DR DOS Startdiskette/Notfalldiskette von PartitionMagic8) funzen nicht mit Festplatten über 120 GB!! DOS von WinXP kommt auch nicht in Frage.
5) So, nun kommen wir zum Anschluss der SATA-Platte.
Ev. ist es bei älteren Mainboards mit Zusatzchip für SATA nicht trivial die Festplatte startfähig zu konfigurieren, manchmal geht es auch gar nicht, stand glaube ich im Nickles-Report. Ohne Zusatzkarte ginge sie dann nur als Datenplatte.
6) Einige ältere Mainboards mit Intel-Chipsatz benötigen beim Aufspielen des Betriebssystems einen sogenannten F6-Treiber für SATA.
Vielleicht finden sich hier Infos; um die Aussagen zu RAID solltest Du aber einen Bogen machen.
Desweiteren kann es notwendig werden im Bios die Platte als SCSI-Devise zu aktivieren; SATA wird manchmal als SCSI geführt.
Ältere Mainboards wie z.B. das Asus P4C800 E-Deluxe sind im Bios auf einen Kompatibilitätsmodus voreingestellt (kann man umstellen!), der max. den Anschluss von 4 Laufwerken erlaubt, sodass auch ein Betrieb mit Win98 möglich ist. Für jedes angeschlossene SATA-Laufwerk fällt dann ein Secondary-IDE-Anschluss weg, dort wird kein Laufwerk mehr erkannt.
Es soll sogar Mainboards geben, die generell nur den Anschluss von 4 Laufwerken erlauben. Auf jeden Fall musst Du das Mainboardhandbuch studieren.
7) Schließlich musst Du in der Datenträgerverwaltung für die neue Platte einen Laufwerksbuchstaben vergeben. Ev. ist es zweckmäßig alle Laufwerksbuchstaben bis auf die der laufenden Systemplatte zu löschen und geordnet neu zu vergeben. Bei der Gelegenheit würde ich das optische Laufwerk auch gleich auf Z legen, damit sein Buchstabe fix bleibt. Er ändert sich dann nicht mehr, außer Du musst den IDE-Controler löschen (dann neu ordnen!), weil der IDE-Controler in den PIO-Modus gefallen ist (verschmutzte DVDs!).
http://www.nickles.de/c/s/4-0014-408-2.htm
8) Manchmal sind Zusatzkontrolerkarten die Lösung, aber Qualität kostet. Zu PCI (nicht PCIe) kann ich sagen:
Mache einen Bogen um billige Karten mit dem Chip SIL3112, der geht gar nicht unter Windows mit modernen großen Festplatten. Mit ein bischen Pech => Datenverlust! - Gut (und teuer) ist z.B. der Promise SATA300 PX2. Einfach Windows installieren lassen und dann abbrechen, aber gleich im Geräte-Manager den Treiber automatisch aktualisieren, ev. mit geöffneter Internetleitung. Die Promise-Anleitung ist Mist. Natürlich macht es wegen der beschränkten Bandbreite von PCI kaum Sinn mehr als ein Festplatte da anzuschließen. Bzw. anschließen kann man mehr, aber gleichzeitig Daten übertragen lassen bremst das System aus. Der Controler soll auch startfähig sein. Die PCI-Karte am besten in den zweiten PCI-Slot unter der Grafikkarte stecken.
Edit:
Sehe gerade einen neuen Link mit Ausführungen zu testdisk