Die beiden BS würde ich in unterschiedliche Partitionen installieren.
Die Faustregel sagt, dass man mit dem "älteren" BS beginnt und das Neuste zuletzt installiert.
Eventuell kann man noch eine dritte Partition anlegen, welche dann als Datenpartition von beiden Systemen gemeinsam genutzt werden kann.
Schon mal nachgedacht, Windows Server 2003 unter Vista in einer virtuellen Maschine zu installieren? Da es ja nur zu Testzwecken ist. Hat den Vorteil, man kann quasi beide Betriebssystem gleichzeitig nutzen.
http://www.virtualbox.org/
http://info.vmware.com/content/GLP_DE_virt_LP1?urlcode=PaidSearch_Google_EMEA-Central_German_VI_General_VMware_Search_DE_virt_LP1&src=PaidSearch_Google_EMEA-Central_German_VI_General_VMware_Search_DE_virt_LP1&ossrc=PaidSearch_Google_EMEA-Central_German_VI_General_VMware_Search_DE_virt_LP1&CMP=KNC-google&HBX_OU=50&HBX_PK=DE_virt_LP1&gclid=CMeNl66ci5UCFQZItAodakzEZA
http://www.microsoft.com/downloads/details.aspx?displaylang=de&FamilyID=04d26402-3199-48a3-afa2-2dc0b40a73b6
Persönlich würde ich VMware Server oder Virtualbox nehmen !