Die Liste steht in der Registry:
HKEY_CURRENT_USER\ Software\ Microsoft\ Windows\ CurrentVersion\ Explorer\ RunMRU\
Das wird dir bei deinem chkdsk-Problem aber nicht helfen, da diese Liste nicht automatisch beim Systemstart abgearbeitet wird, demnach auch nicht für den Start von chkdsk verantwortlich ist...
Um chkdsk aus dem Autostart zu entfernen solltest du erstmal diesen Eintrag überprüfen:
HKEY_LOCAL_MACHINE\ SYSTEM\ CurrentControlSet\ Control\ Session Manager\ BootExecute
Der Eintrag für Autocheck sollte so aussehen "Autocheck Autochk *" , hinter dem Stern sollten keine weiteren Parameter stehen. Sollte dieser Eintrag bereits so eingetragen sein und chkdsk trotzdem starten, dann ruf die Kommandokonsole auf und gib folgendes ein:
"chkntfs /D" (ohne " natürlich)