Klonen ist meiner Meinung nach keine gute Lösung. Ich würde die Daten intelligent mit rsync kopieren und auch nur bestimmte Verzeichnisse, also keine Programm kopieren, sondern nur die Paketzustände auf den anderen Rechner/Festplatte kopieren.
http://wiki.ubuntuusers.de/rsync
Ich würde mal sagen das es sinnvoll ist nicht alle Daten zu kopieren, vielleicht nur die Konfigurationsdaten im /etc verzeichnis , /home,/root, /boot und /var . Die Programme würde ich noch mal neu installieren. Wenn du eine Distribution mit dem APT Paketverwaltungssystem nutzt, dann kannst du mit Hilfe von dpkg die Paketzustände auf die neue Festplatte oder den anderen Rechner kopieren:
man dpkg:
Um eine lokale Kopie der Paketauswahl-Zustände zu erstellen:
dpkg --get-selections > meine_auswahl
Sie können diese Datei zu einem anderen Computer bringen und sie dort mit folgenden Befehlen installieren:
dpkg --clear-selections
dpkg --set-selections < meine_auswahl
Oder wie es hier bei Debian erklärt wird:
http://www.debian.org/releases/squeeze/i386/release-notes/ch-upgrading.de.html#data-backup
Man soll nur die Dinge sichern, die sich nicht noch mal neu berechnen lassen. Das heißt du mußt nicht die Programm kopieren, sondern nur die Paketzustände mit dpkg auf den neuen Rechner übertragen.
Ich habe keine Erfahrung mit NTFS unter Linux. Ich habe bis jetzt noch nie von Linux auf eine NTFS Partition geschrieben, weil der NTFS Treiber im Linuxkernel nicht richtig funktioniert. Ich würde an deiner Stelle ein Windowsprogramm für das Clonen der Windowspartition nutzen. Ich nutze Windows so gut wie nie und kenne kein Windowsprogramm für diese Aufgabe.
Einfach eine Knoppix DVD herunterladen und rsync unter Knoppix starten:
http://knopper.net/knoppix/knoppix702.html
Um eine Windowspartition schreibend zu mounten empfiehlt sich der NTFS-3G Treiber:
http://de.gentoo-wiki.com/wiki/NTFS-3G
http://wiki.ubuntuusers.de/Windows-Partitionen_einbinden?highlight=NTFS%203g
PS: Den grub mußt du wahrscheinlich nach dem Clonen noch mal neu installieren. Das mußt du mal in der Dokumentation von deiner Distribution (welche eigentlich ?) nachlesen.