Hallo Vanessa,
wenn die Mikrofonlautstärke zu gering ist gibt es unter Windows den Punkt "Mikrofonverstärkung oder Mikrofonbooster".
Kannst du diesen Punkt unter deinem Linux finden?
Wenn nicht sieh mal ob du (Ubuntu?) proprietäre Treiber findest oder Herstellertreiber.
Bei diesen ist meist diese Option zu finden.
http://wiki.ubuntuusers.de/Soundsystem
Das Problem lässt sich umgehen, wenn man in den Audioeinstellungen ("Audiogeräte") von Skype die "Automatische Soundeinstellung aktivieren" nicht auswählt, also die Automatische Soundeinstellung deaktiviert.
Siehe auch: PulseAudio zu Skype.