Das könnte vieles sein, wie zb lose Kabel, oder zu hoher Anpressdruck.
Das die Lüfter drehen bedeutet erstmal nur das dein Mainboard Strom bekommt. Daraus lässt sich aber wenig ableiten. Hast du mal geschaut ob das 4 bzw 8 Polige Kabel für die 12V Spannungsversorgung des Prozessors richtig steckt?
6 oder 7:
http://de.wikipedia.org/wiki/PC-Netzteil#mediaviewer/File:PC-Netzteilanschluesse_ATX2_numbered_IMGP2167_smial_wp.jpg
Stecken die restlichen Kabel richtig? Wenn es sich um einen intel LGA Sockel für Core2 und Core i Prozessoren handelt sollte der Kühler nicht zu fest angezogen sein, das mögen die kleinen Federn im Sockel nicht.
War der Rechner stromlos als du den Kühler ab und angebaut hast? irgendwo abgerutscht?
mfg
chris