Ohne jetzt die mittlerweile sehr vielen Antworten durchzulesen, und daher auf die gefahr hin, daß jemand anderes schon das selbe schrieb:
Aber ich hatte bei meiner 1 TB USB-Platte das selbe Problem.
Die war mit NTFS formatiert. >Und nach einiger Zeit kam immer wieder das selbe Problem, bis dann irgendwann gar nix mehr ging (auch nicht unter Windows).
Ich hab die Platte dann umformatiert (hauptsächlich ext4) und nur noch knapp 200 GB für die NTFS gelassen, wenn ich unter Windows drauf zugreifen muß.
Sobald die dann am Linuxrechner klemmt, wird dann alles, was ich noch brauche, zusätzlich auf die Linux-Partition kopiert.
die NTFS muß ich alle paar Jahre neu formatieren, damit alles wieder problemlos funzt. Die Linux-Partitionen laufen dagegen, und laufen, und laufen ....
Ähnliches würde ich Dir also auch empfehlen:
Mit GParted eine 2. Parition schaffen, Ext4 formatieren und dann alles, was Du noch brauchst, rüberkopieren. Dann NTFS neuformatieren (Reparieren geht meist nicht, weder mit Windowsmitteln auch GPartet muß da meist passen) und alles, was Du unter Windows noch brauchst, wieder auf die NTFS zurückkopieren.