verschiedene Formen von Tabellen
Haben die denn irgendeine Gemeinsamkeit oder sind miteinander verknüpft? Sollen alle PDF-Tabellen gemeinsam in eine Datenbanktabelle importiert werden oder hast Du schon irgendwelche Vorstellungen wie das relationale Datenmodell am Ende aussehen soll? Für eine Datenbank brauchst Du deutlich mehr inhaltliche Struktur als in einer Excel-Arbeitsmappe.
Die Umwandlung von PDF nach CSV funktioniert (bisher allerdings nur über den Umweg EXCEL - kennst du eine bessere Lösung?).
Wenn Du die tabellarischen Daten auf diesem Weg fehlerfrei aus der PDF in eine CSV bekommst dann kannst Du Dich schon glücklich schätzen. Muss man abwägen in wie weit sich eine weitere Optimierung an dieser Stelle überhaupt lohnt. Wie oft musst Du das denn machen?
Die CSVs kannst Du (zumindest in eine bestehende Tabelle) direkt importieren: http://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/load-data.html
Gruß
Borlander