Kann die Batterie trotzdem schwach sein?
Möglich ist das schon. Das CMOS kann sich auch aus anderen Gründen versiebt haben oder schlichterweise die Platte selbst kaputt.
Verrate uns doch bitte trotzdem wie die beiden Platten angeschlossen sind im Rechner und ob das Problem "zufällig" auftrat, nachdem die Platte mit W98 eingebaut wurde.
So aus dem Lameng nehme ich an, dass W98 am IDE-Strang hängt, da dieses ohne krampf mit SATA gar nicht läuft.
Ist die XP-Platte ebenfalls ein IDE-laufwerk, dann könnte die Jumperung die Ursache sein nach dem Umstecken, ist es eine SATA, dann muss möglicherweise im BIOS etwas umgestellt werden, damit diese wieder erkannt und gebootet wird - vorausgesetzt die ist nicht kaputt.
Falls Du es nicht oder schlecht beschreiben kannst, als visuell orientierte Mitbürger kommen wir auch mit einem guten Bild zurecht;-)