Hm, ich hab nämlich das gleiche Problem bei meinem Zweitrechner im Netzwerk. Auch mit Win98SE. Und zwar hängt sich der Rechner JEDESMAL auf, wenn ich ihn runterfahren möchte, d.h. er bleibt beim Windows-fenster "Der PC wird jetzt herunter gefahren" stehen und beim nächsten Neustart kommt Scandisk. Wie ich gehört habe, kann das am Powermanagement (ACPI) liegen. Und zwar wenn's deaktiviert wurde. Wie es bei meinem Zweitrechner der Fall ist. Das Prob ist nur, wenn Windows schon installiert wurde, und man de-/aktiviert im BIOS das ACPI, dann kann deine ganze Windowsinstallation am Arsch sein - das war bei mir dann auch der Fall :)
Deshalb weiß ich jetzt auch nicht, wie ich das Prob beheben kann.