Kontrollier mal die Hardware:
IDE1 Primary-IDE
Festplatte - Master (Startfestplatte mit Betriebssystem)
Festplatte 2 - Slave
IDE2 Secoundary
CD-ROM - Master
Brenner - Slave
So in etwa könnte die Hardwarekonfiguration aussehen.
Kontrollier auch nochmal die IDE-Steckverbindung, ob der IDE-Stecker richtig herum im Controller und Festplattenanschluss drinsteckt.
Schau mal ins Bios (bei Start "Entf") rein bei Standard CMOS Features, ob da noch bei Primary Master die User-Einstellungen von der alten Festplatte drinstehen. Stell User auf AUTO um, damit die neue Festplatte gefunden wird.
Wird sie gefunden, so kannst Du die neue Platte formatieren und das Betriebssystem installieren. Dazu müsstest Du von Startdiskette booten und auf das CD-ROM Laufwerk wechslen mit der eingelegten Original 98er CD und Setup ausführen. Vorher muss die neue Platte allerdings Formatiert werden. Format.com ist auf der Windows98 CD im Verzeichnis win98, wo sich auch FDISK befindet mit welchem Du die neue Fesplatte partionieren kannst, bzw. die Größeneinstellungen der Laufwerke auf der Festplatte bestimmen kannst. Lohnt sich vielleicht auch vorher das FDISK auszuführen und dann format c: , weil manchmal nur 2GB statt der gesamten 60GB formatiert werden. Dazu führst Du FDISK aus und nimmst Deine Einstellungen vor - ist eigentlich alles ganz gut im Programm ersichtlich, wies funktioniert.