Hört sich für mich problematisch an. Durch die 2 Gehäuselüfter ist der Lüfter der Grafikkarte einer nicht gedachten (d.h. er wurde für sowas nicht konstruiert) mechanischen Belastung ausgesetzt, die erstmal, wie von dir beschrieben, dazu führt, dass das Ding langsamer ist. Mit der Zeit kann es aber geschehen, dass das Ding durch die Belastung ganz kaputtgeht, und das wäre sicherlich nicht in deinem Sinne.
Ich würde die 2 Lüfter an deiner Stelle wieder entfernen, zumal sie sicher keinen besonders großen Effekt haben. Den größten Effekt auf die Wärme der Grafikkarte hat schließlich immer noch der Grafikkartenlüfter, und der wird schließlich ausgebremst. Die "Kühlungsbilanz" dürfte durch die 2 Gehäuselüfter also nicht wesentlich besser, wenn nicht sogar schlechter sein als vorher.
Bei Karten der Geforce Reihe bringt es nur wenig die Karte von hinten zu kühlen, dort reicht (wenn überhaupt) ein Passivkühler.
Anders sieht es hingegen bei der neuen ATI Raedon 9700, denn die ist so gebaut, dass der Die des Grafikkartenprozessors nach hinten (eingebaut also nach oben) gerichtet ist. Hier ist zumindest eine passive Kühlung Standard.