Nein.
Du darfst natürlich nur Deine NEUE (8GB)-Platte formatieren. Wenn Du unsicher bist, dann mache doch folgendes (ist zwar nicht elegant aber sicher, wenn man das noch nie gemacht hat):
Schliesse die 12 GB kurz ab, jumper die 8Gb auf Master, schliesse diese alleine genauso an, wie die 12GB angeschlossen war (gleicher Datenkabel-Stecker) und boote mit der WIN98-CD. (Vorher im BIOS IDE0 bis 3 (bzw. 1 bis 4, je nach dem, wie Dein Bioshersteller die Kanäle nun nennt, auf AUTODETECT oder automatische Erkennung und booten von CD-ROM einstellen).
WIN98 erkennt, dass die FP nicht passend formatiert ist und erledigt das für Dich (oder gebe nach dem Booten unter DOS (der schwarze Bildschirm mit weissem Text) einfach den Befehl "FORMAT C:" (natürlich ohne die " ") ein).
Ich bin mir aber jetzt nicht ganz sicher, ob Du für die automatische Prüfung der Festplattenpartition den Befehl SETUP von der WIN98-CD explizit aufrufen mußt. Falls ja, dann warte die Formatierung Deiner 8GB ab und schalte, sobald die normale Install-Routine von WIN98 beginnt, den Rechner einfach brutal ab, damit du nicht ewig Daten auf Deine 8GB bekommst).
Danach klemmst Du wieder Deine 12 GB an, versicherst Dich, dass diese als MASTER gejumpert ist, jumperst Deine 8 GB als SLAVE und hängst Diese an den freien Anschluss des Datenkables Deiner 12GB. Stelle im BIOS wieder als boot-device IDE0 (resp. 1) anstatt Deinem CD-ROM ein, damit wieder von Deiner 12 GB gebootet wird. So kann nichts schief gehen. Nach erneutem Start wird Deine 8GB als neues Laufwerk mit eigenem Buchstabe (wie z.B. ein CD-ROM-Laufwerk o.ä.) z.B. im EXPLORER angezeigt. Kopiere ein paar Dateien probehalber dorthin und öffne sie von dort. Geht alles, war's das.
Viel Glück