Sorry, kleiner Fehler: es ist egal, ob S-ATA 0, 1 oder beide - in jedem Fall verlierst du maximal entweder den Primary oder Secondary IDE.
Zum klonen sollte es ziemlich egal sein, Platten dran und erst mal unter DOS (Ghost) schauen, ob beide vorhanden sind. Hänge die S-ATA aber lieber an Port 0.
Wenn geklont ist, mußt du erst mal die S-ATA Platte bootfähig bekommen, normalerweise läuft die dann automatisch als Primary IDE, wenn nicht anders eingestellt. Dabei verlierst du ggf. den wirklichen Primary IDE und deine P-ATA Platte + CD/DVD-ROM müßten dann an den Secondary IDE.
Hier geht aber probieren über studieren und XP sollte theoretisch gar keine Einschränkungen haben.
Fazit: S-ATA an Port 0, P-ATA an Secondary IDE sollte klappen. CD/DVD-ROM an den Primary IDE und erst mal schauen, ob das unter XP dann noch da ist.