Yo!
Hatte mal ein ähnliches Broblem beim Kumpel gesehen, der es aber sehr einfach gelöst hat:
1. HD LINUX \ beide per LILO-Boot,
2. HD XP / auf dem S-ATA
3. HD (klein) Win98SE per Wechselrahmen mit Schalter auf IDE
Danach Bootreihenfolge auf 1.IDE, 2.S-ATA und alles läuft!
Wenn 3.HD an dann Win 98se, wenn aus, dann per LILO (LINUX oder XP)
Wenn alles gewünscht, dann Bootreihenfolge ändern.
mfg, Der Bär
P.S.: wenn man natürlich ein BIOS oder Controller hat, dass später zugeschaltete Laufwerke erkennt und im System anmeldet, dann ist es noch sehr viel einfacher, man muss im BIOS gar nichrs umschalten, nur 3.HD vor dem Booten aus, nach dem Booten wieder an.