Ich sehe es in etwa auch so wie Borlander. Vielleicht ein paar Ergänzungen...die Du Dir nur zumuten musst, wenn es ein Problem gibt.
Solange es nicht um Betriebssystempartitionen geht, die startbar sein sollen, ist die Sache recht problemlos. Normaler Weise wird Windows die Platte erkennen, ansonsten mal in der Datenträgerverwaltung nachschauen, ob die Partitionen der zweiten Platte Laufwerksbuchstaben bekommen haben. Das ist der Punkt, für die zweite Platte verändern sich Laufwerksbuchstaben und wenn von der einen Partition Links auf eine andere Partition gesetzt sind...dann sucht Windows ev. lange nach der Datei, wenn der Laufwerksbuchstabe im Pfad nicht mehr stimmt.
Ich grübele ein wenig was passiert falls die Platte schon mal dran war (dem Windows auf der ersten Platte in der Registry bekannt ist), aber sich inzwischen was an der Partitionierung geändert hat. Dann wäre wohl ein fdisk /mbr mit altem DOS (Startdiskette) angesagt + zusätzlicher Neustart (Windows sortiert die Partitionen erneut ein).