Oi, langsam verlier ich den Überblick ... vor allem da du jetzt von SATA statt USB sprichst.
Vielleicht ist es hilfreich, wenn du stichpunktartig nochmal die Ursprungssituation (welche HD (nenne sie mit Namen oder Größe oder sag "Große" und "Kleine")) du über welche Anschlüsse dran hattest.
Was ich bis jetzt verstehe:
Du willst eine ehemals als extern benutzte IDE-Platte (mit SATA-Adapter an ext. SATA-Anschluss, mind. zwei Partitionen) in deinem Rechner fest einbauen (vermutlich über P-ATA). Die erste Partition war dafür leer, du hast sie eingebaut, XP draufgespielt (vermutlich über CD-Setup) und anschließend bootete der Rechner nicht. Du hast daraufhin die alte kleine FP wieder eingebaut, die große externe wieder an S-ATA gehängt und nun wird sie nicht mehr erkannt?
Hattest du beim Einbauen der großen FP daran gedacht, die Markierungen für "aktive Partition" richtig umzusetzen? I.d.R. macht das die XP-Installation, vielleicht aber auch nur, wenn man die FP im Setup erst formatiert (was natürlich nicht erforderlich ist, das kann man auch anders setzen).