Richtig, zudem kann ich mir, wenn Du einigermaßen aktuelle Platten hast, nicht vorstellen das die für die Lautstärke des PC's verantwortlich sind. Ich hab mehrere SCSI-Platten bei mir im Rechner, den meisten Krach macht im Bigtower aber das Netzteil in Verbindung mit dem meist dünnen Blechgehäuse.
Da Windows ein richtiges Betriebssystem ist kann man zumindest SCSI-Platten einzeln herunterfahren, im EZ-SCSI von Adaptec findet sich ein entsprechendes Tool um gezielt einzelne Platten zeitgesteuert oder manuell anzuhalten, mit der Freeware SCSI-Reset geht's nur manuell.
Suchen, irgendwo im Internet gibt's ein entsprechendes Windows-Tool auch für IDE-Platten, da bin ich mir sicher.
Aber, wie bereits von Mrs. Software angesprochen, häufiges An- und Ausschalten ist für IDE- wie SCSI-Platten nicht gerade vorteilhaft, Dauerbetrieb für IDE aber schon gar nicht. Wie gesagt, ich vermute eine andere Lärmquelle.