SATA-Hostadapter in modernen Mainboardchipsätzen verfügen über verschiedene Betriebsmodi. Für Dich relevant vermutlich:
1) Der Legacy- oder der Native-Modus. Damit kommunizieren die Hostadapter mit den Festplatten nach alten PATA-Standard und können sogar noch DOS starten.
2) Der AHCI-Modus. Er nutzt SATA2-Features. Er muss bei der Windows-Installation (nur bei XP, Vista ist da moderner) per F6 untergeschoben werden.
3) Unterschieben per F6 gilt auch für den Einsatz von Kopier- oder Partitionierungstools von deren Notfallmedien. Wenn das Notfallmedium allerdings auf einem Linux-Kernel beruht (Acronis), dann soll es nicht gelingen.
Auszug aus dem c't Artikel 20/2007, S.176ff ATAvismus - SATA-Hostadapter moderner Chipsätze richtig konfigurieren:
"Die nForce-Treiber für Windows ermöglichen NCQ auch bei im Legacy- oder Native-Modus arbeitenden Hostadaptern über ein proprietäres Interface; Nvidia ersparte dem Anwender so bislang das Aktivieren von AHCI im Bios-Setup. Bei neueren Chipsätzen des Grafikspezialisten kann man AHCI aber nun ebenfalls dauerhaft aktivieren, sodass die generischen AHCI-Treiber den Hostadapter betreuen."
Und noch ein weiteres Zitat:
"Auch die Hot-Plug- und Port-Multiplier-Funktion der Mainboard-Chipsätze arbeitet nur in AHCI- oder RAID-Konfiguration."
Dann wird noch gesagt, die Hot-Plug-Fähigkeiten seien rudimentär, denn zumeist findet sich auf dem Desktop kein Symbol zum An- und Abmelden der Festplatten (leeren der Caches). Nvidia sei eine rühmliche Ausnahme...aber unter Vista nicht mehr. Bei Zusatzkontrolern auf besseren Mainboards kann so ein Symbol aber verfügbar sein...ich vermute nur für die Platten, die über so einen Kontroler angeschlossen sind.