Aus Sicht der Usability würde ich persönlich ein virtuelles Linux bevorzugen, da Du die Möglichkeit hast einen "Snapshot" des Systems zu sichern und von diesem zu starten. Warum ich das als Vorteil sehe? Wenn Du Updates oder bewusste Änderungen machst, dann kannst Du einen neuen Snapshot "einfrieren" und dann diesen zum Starten nutzen, im Alltag aber immer von einem unveränderten System starten.
Bei einer CD oder DVD müsstest Du regelmäßig neue Versionen brennen bei relevanten Sicherheitsupdates, persönliche Einstellungen müsstest Du trotzdem in irgend einer Form speichern können und Du hättest damit das schlechte aus beiden Welten.
Bei der Version mit dem USB-Stick bist Du dann eigentlich fast genau so nass, wie wenn Du es auf Festplatte installiert hättest, nur dass eventuell nur der Stick betroffen ist, wenn etwas schief geht (aber auch eine Festplatte könnte durchaus in Gefahr sein).
Der einzige echte Nachteil der Virtualisierung ist der größere Resourcenverbrauch in meinen Augen. Aber auch das ist mit einer relativ aktuellen CPU und ausreichend RAM kein Problem.