Wenn du eine Neuinstallation durchführen willst, als erstes beide Laufwerke, C + D auf irgendwelche abgelegte und zu behaltende Daten untersuchen und diese auf ein anderes Laufwerk verschieben/kopieren. Ich gehe davon aus, dass außer den Laufwerken C + D noch weitere auf den HD eingerichtet sind. Sollte das nicht der Fall sein, alle Daten extern speichern und beide Laufwerke bei der Neuinstallation formatieren. Dann den Windows - Anweisungen folgen. Nach der Installation dann ganz konsequent Betriebssystem und Daten Trennen. Auf C sollte das Betriebssystem mit den Programmen sein und auf D dann die Daten.
Ich würde mir das aber dreimal überlegen, denn ich vermute, es sind nur Laufwerke C + D vorhanden und du wenig Erfahrung im Umgang mit Win hast.